A Assembleia Geral é o órgão colegiado soberano do IEMA. Entre suas atribuições está a elaboração de diretrizes gerais e políticas do instituto, eleição dos membros dos Conselhos Fiscal e Diretor e da Diretoria e aprovação de novos associados.
O Conselho Diretor é deliberativo, composto por de cinco a nove membros, e subsidia a Assembleia Geral e a Diretoria com discussões técnicas e abordagens conceituais e políticas. Também aprova o plano estratégico, a programação anual, o orçamento e o nosso relatório de atividades, além de propor a implantação de novos projetos. É ele quem zela para que os programas e iniciativas estejam alinhados à missão do instituto.
O Conselho Fiscal é o órgão fiscalizador da gestão financeira do IEMA. É composto por de três a cinco integrantes, eleitos pela Assembleia Geral. Cabe a ele emitir pareceres sobre questões administrativo-financeiras para embasar a tomada de decisões da Assembleia e da Diretoria.
A Diretoria, formada pelas diretorias executiva, administrativa e técnica, é o órgão executor e administrador. Seus membros são indicados pelo Conselho Diretor e eleitos pela Assembleia Geral, com mandato de três anos.
